Das Gesundheitsamt überwacht die Einhaltung der gesetzlichen Vorschriften zum Schutz vor der Übertragung von Krankheitserregern in medizinischen Einrichtungen (z. B. Krankenhäuser, Arzt- und Zahnarztpraxen) sowie Gemeinschafts- oder Betreuungseinrichtungen (z. B. Schulen, Kindergärten, stationäre Pflegeeinrichtungen).

Aber auch nichtmedizinische Betriebe, in denen besondere Anforderungen an die Hygiene bestehen (z. B. Fußpflegeeinrichtungen) unterliegen der Überwachung durch das Gesundheitsamt.

Im Vordergrund dieser Tätigkeit steht die Beratung der Verantwortlichen, aber auch Hygienebegehungen, um das Ziel der Verhütung von Infektionskrankheiten zu erreichen.

Insbesondere die Verhütung und Bekämpfung von Krankheitserregern, die gegen eine Vielzahl von Antibiotika unempfindlich (multiresistent) sind, hat einen sehr hohen Stellenwert.

Das Gesundheitsamt ist Teil eines EUREGIO-Projektes (EURSafety Health-net), dessen Hauptziel die Stärkung der Patientensicherheit und der Schutz vor Infektionen ist. Krankenhäuser und nun auch stationäre Pflegeeinrichtungen können, bei Erreichen bestimmter Qualitätsanforderungen, ein entsprechendes Qualitätssiegel erwerben.